Spolupráce Andreje Babiše s StB byla vědomá. Je o tom přesvědčen Ondřej Krajňák, odstupující šéf Ústavu paměti národa (ÚPN), který u soudu dokázal, že Babiš je ve svazcích StB jako spolupracovník evidován oprávněně. Své zjištění zopakoval v rozhovoru pro Český rozhlas. Také řekl, že pročetl některé ze spisů Andreje Babiše, které se v archivů nacházejí.
Jeden z nich Ondřej Krajňák přiblížil: „Pokud bychom šli po obsahu těchto spisů, dozvíme se, že upozorňoval na jednu kauzu, která se týkala toho, že nějací obchodní partneři z Rakouska přicházeli obchodovat do bývalého Československa a přenášeli videorekordéry. To byla tehdy velmi drahá záležitost a takhle si kupovali naše lidi. A on na to upozornil. Takže bychom si mohli říct, že vlastně upozorňoval na korupci. Na základě právě takového udání z jeho strany byl zaveden další spis. A svědčí to o tom, že agent Bureš byl vědomý spolupracovník. Nezavedli by další spis, kdyby ta spolupráce nebyla důvěryhodná. I to svědčí o důvěryhodnosti nebo oprávněnosti evidence,“ řekl Krajňák v rozhovoru pro Český rozhlas.
Jím řízený Ústav paměti národa vedl s Babišem dlouholetý spor o to, zda je Babiš evidován oprávněně. Nakonec budoucí premiér ČR prohrál. Krátce po vítězném soudu se Ondřej Krajňák rozhodl z čela ÚPN odejít. Na Slovensku byla odsouhlasena změna ve fungování úřadu a on přišel o kompetence, navíc po něm bylo žádáno, aby vyhodil z ÚPN některé své podřízené. V rozhovoru se dále svěřil, že od doby, kdy vedl spor s Babišem cítil ze strany některých Slovenských politiků určitý tlak. Prý se zajímali o to, zda on a jeho lidé náhodou nepracují až moc. „Ze strany nějakých politiků, kteří se možná snažili o dobrou spolupráci s Českou republikou a panem Babišem, jsme také pociťovali jistý tlak, jisté otazníky, zda neděláme ,nadpráci‘,“ řekl Krajňák.