Komunistický režim už řádil ze všech sil a najednou se v něm stalo něco, co do něj vůbec nezapadalo. Událost později získala označení „číhošťský zázrak“. Bylo to 11. prosince 1949.
Podle popisu svědků se během mše sloužená v neděli a při kázání několikrát pohnul kříž na oltáři. Farář sám si ničeho nevšiml a teprve později mu to sdělili farníci.
Protože si lidé tuto událost nenechali pro sebe, dostala se nakonec i ke Státní bezpečnosti. StB sice v zázraky nevěřila, ale ať už se událo cokoli, hodilo se to k zostření proticírkevního pronásledování. Začalo zatýkání. Sebrali opata Víta Tajovského, kostelníka Františka Pártla, bohoslovce Jana Zmrhala a další lidi.
StB se snažila faráře Toufara přimět k přiznání, že vyrobil zařízení a pomoci drátů křížem pohyboval. Protože kněz vzdoroval, mučili ho a donutili k přiznání. Kromě toho ho chtěli použít při natáčení propagandistického filmu Běda tomu, skrze něhož přichází pohoršení. Toufara přivezli na noční natáčení ze dne 23. na 24. února 1950 v tak špatném zdravotním stavu, že pořízené záběry byly prakticky nepoužitelné. Faráře pak podle jedné verze hrál ve filmu sám generální prokurátor Karel Čížek. Podle jiné na záběru z kazatelny je Toufar, ale tak zbědovaný, že ho ve filmu nepoznali ani jeho farníci. Faktem je, že Čížek měl jako prokurátor na svědomí procesy s lidmi jako břevnovský opat Anastáz Opasek, olomoucký světící biskup Stanislav Zela a básník Jan Zahradníček.
Protože se Toufarův stav dále horšil, převezli ho 25. února do státního sanatoria v Legerově ulici v Praze. Byl operován kvůli zánětu pobřišnice vzniklého v důsledku prasklého žaludečního vředu a za několik hodin poté zemřel. Pohřbili ho v hromadném hrobě na Ďáblickém hřbitově v Praze. Odtud byly jeho ostatky vyzvednuty a 12. července 2015 převezeny do Číhošti.
Že se ze strany režimu jednalo o akt represe, je každému soudnému člověku jasné. Záhadou dodnes zůstává, co se tehdy vlastně stalo. Představa tak trapného technického triku se k faráři Toufarovi vůbec nehodí. Další variantou bylo, že šlo o provokaci nastraženou policií, aby bylo možné zinscenovat procesy s odpůrci režimu. Jednou možností je pochopitelně i zázrak, což se těžko dokazuje i vyvrací.
Vyšetřovatel Ladislav Mácha, který má zřejmě týráním bezprostřední vinu na Toufarově smrti, nejevil nikdy žádnou lítost. Když se ho v roce 1998 Miloš Doležal, který o Toufarovi psal a má zásluhu na objevení jeho pozůstatků, ptal, jestli něčeho v životě lituje, Mácha řekl: „Jo. Možná toho, že jsem se nestal lesníkem jako otec.“ A zdůvodnění? „Byl bych býval na čerstvým vzduchu, na sluníčku, a ne v uzavřených kancelářích, ve kterých jsem celý život pracoval.“
Mácha byl nakonec v roce 1999 uznán vinným ze zneužití úřední moci a těžkého poškození na těle a odsouzen na dva roky nepodmíněně. Vězení se vyhýbal, ale nakonec do něj v roce 2002 16. ledna jít musel. Po roce byl podmíněně propuštěn. Zpráva o jeho smrti se nikde neobjevila. Pokud dnes ještě žije, je mu 94 let.