Poslanci ANO se ve sněmovně snažili vytvořit dojem, že v policejní žádosti o vydání Andreje Babiše a Jaroslava Faltýnka nebylo prokázáno propojení mezi Babišovými firmami a Farmou Čapí hnízdo.
Babiš projekt vymyslel, ale podle svých slov jej sám nechtěl realizovat. Přeměnil Farmu (která se tehdy ještě jmenovala jinak, ale to není podstatné) na akciovou společnost s anonymními akciemi. To jsou ty akcie, proti kterým Babiš spolu se svou stranou na oko bojoval, ale sám je přitom využíval. To jsou ty akcie, které použili snad jen ti největší lotři, kteří nechtěli, aby bylo na jejich činnost příliš vidět (ze strany finančních úřadů či orgánů činných v trestním řízení). Nepotřebnou firmu pak Babiš prodal se ziskem záměrně anonymním vlastníkům. Podle jeho pozdějších slov i podle policejní žádosti se jednalo o jeho blízké. Tehdejší vlastníci však ztratili všechny dokumenty, které by to potvrzovaly.
Poslanec a bývalý místopředseda ANO Jan Volný se na plénu sněmovny divil, jak se může nějaký obchod pouze tvářit jako obchod, když se opravdu stal. Policie totiž tvrdí, že byl převod akcií pouze fiktivní a Farma Čapí hnízdo tak ve skutečnosti po celou dobu zůstala pod Babišem. Obdobně ani ministr spravedlnosti Robert Pelikán (ANO) nevidí v žádosti důvody, které by měly vést k trestnímu stíhání, čili nevidí uskutečněné převody akcií jako fiktivní.
Aniž bychom však mohli nahlédnout do policejního vyšetřovacího spisu, který je ještě mnohem podrobnější než zmíněná žádost o Babišovo a Faltýnkovo vydání spravedlnosti, lze s vysokou mírou pravděpodobnosti říci, že Čapí hnízdo skutečně zůstalo po celou dobu čerpání dotací pod Babišem.
Jednak nevíme, zda k převodu akcií opravdu došlo. Faltýnek tvrdí, že jako člen představenstva Babišovy firmy byl u podpisu smlouvy o prodeji Farmy a má prý příslušné doklady (smlouvu, předací listiny, výpis o bankovním převodu) k dispozici. Jenže ještě v březnu 2016 na ČT24 tvrdil, že si nepamatuje, kdo byl jejím majitelem, a komu tedy jako člen představenstva pro změnu Babišova Agrofertu schválil ručení za stamilionový bankovní úvěr. Vypadá to tedy, jako kdyby byly tyto dokumenty vytvořeny dodatečně.
I kdyby však k převodu veškerých akcií na pět let došlo, celý postup se jeví jako tzv. repo obchod. To je takový obchod, kdy si někdo na čas vezme akcie (a s nimi i určitá majetková práva) a půjčí za to majiteli akcií za velmi výhodných podmínek peníze. Po dohodnuté době se však akcie vrací do rukou původního majitele. Přesně to se zřejmě stalo. Babiš si se svými dětmi a budoucí (nynější) manželkou předem dohodl, že jim akcie jen na čas půjčí, a to minimálně na dobu pěti let, aby si mohly zažádat o padesátimilionovou dotaci z EU, která nebyla určena pro miliardáře, jako je Babiš.
Problém je, že tento postup i jakýkoli jiný repo obchod se v účetnictví, které podává informaci o skutečném (nikoli zdánlivém) stavu věcí, musí projevit tak, že Farma Čapí hnízdo zůstává po celou dobu v Babišově impériu. Majitelem (byť s dočasně omezenými právy, jak už to tak u repo obchodů bývá) tak po celou dobu zůstal Babiš, jen to chybně neměl uvedeno ve svém účetnictvím. Na dotaci z EU pro malé a střední podniky tak Farma v žádném případě neměla nárok, a pokud tento závěr potvrdí i evropský úřad určený pro boj proti podvodníkům (OLAF), který případ rovněž vyšetřuje, bude muset Česká republika dotaci vrátit.
Zbývá ještě možnost, že si Babiš se svými blízkými pozdější opětovný odkup Farmy předem nedohodl. Ale i v tom případě měl na projekt takový vliv, že mohl majitele Farmy k opětovnému odkupu donutit, a nebylo tedy správné, že investice získala uvedenou dotaci. V takovém případě je sice v pořádku, že Farma nezůstala v Babišově účetnictví, avšak pouze proto, že účetní předpisy musejí být dostatečně obecné, a tak je krajně obtížné obdobné případy rovněž zařadit do repo obchodů. Skutečný stav věci byl však i v tomto případě takový, jako kdyby se jednalo o potenciální repo obchod a Babiš tak zůstával vlastníkem Farmy.
Čapí hnízdo totiž bylo stavěno na jeho pozemcích. Babišovi blízcí žádné pozemky na investici neměli a ani od Babiše žádné nedostali. Pouze jim je pronajímal. Podle policie navíc v žádosti o dotaci výši nájemného neuvedli, čímž zkreslili ekonomické parametry projektu.
Kromě toho byl prakticky celý projekt financován obrovským bankovním úvěrem, který byl Farmě umožněn jen díky garanci ze strany Babišovy firmy. Reálná hodnota Farmy v době, kdy se vracela zpátky k Babišovi, byla řádově tisíckrát nižší než výše tohoto úvěru. Bylo tak očekávatelné, že se Farma dostane do problémů a Babiš ji jako věřitel převezme. Podle policie přitom Babišovi blízcí v žádosti o dotaci lhali o výši i době splatnosti úvěru.