Událost nazývaná číhošťským zázrakem je fenomén, který zůstává dodnes nevysvětlen. Jak se mohl kříž na oltáři v kostele v číhošťské farnosti pohybovat, stále s jistotou nevíme, ale víme, že Komunistická strana Československa využila tuto událost k brutálnímu postupu vůči církvi. Jedna z hypotéz však hovoří i o tom, že od samého počátku šlo o akci, kterou organizovala komunistická tajná policie, nechvalně proslulá StB.
Když se 11. prosince 1949 v číhošťském kostele Nanebevzetí Panny Marie pohnul během kázání při příležitosti třetí adventní neděle dřevěný kříž na oltáři, nikdo netušil, jaké následky to bude mít pro zdejšího faráře Josefa Toufara. Svědků události bylo 19, sám kněz pohyb kříže na vlastní oči neviděl.
K pohybu téměř půlmetrového krucifixu došlo asi v půl desáté dopoledne ve chvíli, kdy Josef Toufar z kazatelny pronesl „uprostřed vás stojí, kterého mnozí neznají, zde ve svatostánku je náš Spasitel“, a svá slova doprovodil pohybem ruky právě směrem k oltářnímu kříži. Kříž se následně několikrát pohnul a zůstal otočen směrem ke kazatelně.
Josef Toufar se této události začal věnovat až další den, kdy se od svědků o pohybu kříže dozvěděl a nechal si od nich písemně vylíčit, co vlastně viděli. Událost zmínil i během následující neděle při dalším kázání, kde se snažil vše vysvětlit, a zdůrazňoval, že se nejednalo o signál přicházejícího neštěstí pro církev, jak o tom někteří ze svědků hovořili.
Pohyb kříže a vyjádření lidí o tom, co viděli, však neunikly bedlivému oku StB, protože Číhošť se během krátké chvíle stala doslova poutním místem, které chtělo navštívit mnoho věřících.
A tak se vládnoucí komunisté rozhodli využít události k záměru, s nímž počítali na pozdější dobu – k „vypořádání se“ s katolickou církví. Vyšetřování odstartovalo 28. ledna 1950, kdy byl Josef Toufar vylákán ze své fary v Číhošti estébáky vydávajícími se za novináře. Následně byl převezen do věznice ve Valdicích, kde byl takřka okamžitě podroben krutým výslechům. Po čtyři týdny byl týrán, aby od něj StB získala přiznání, že celou věc vymyslel a připravil. Při fyzickém týrání kněze byl nejaktivnější Ladislav Mácha, jenž byl vedoucím vyšetřovacího týmu, který měl od Toufara získat doznání viny.
Zprávy o „zázraku“ se dostaly i k tehdejšímu komunistickému prezidentovi Klementu Gottwaldovi, který nařídil co nejrychlejší vyšetření, a to za každou cenu. A tak se farář Josef Toufar kromě brutálního fyzického násilí musel vypořádat i s odpíráním spánku, jídla i pití. Po několika týdnech soustavného násilí kapituloval a přiznal to, co komunističtí zločinci z StB chtěli slyšet. Dne 23. února 1950 pod nátlakem podepsal připravený protokol, v němž popisuje, jak docílil pohybu kříže. Jako takovou „perličku“ si nechali sadisté z StB podepsat, že se kněz během věznění nestal obětí žádného násilí. Do tohoto protokolu pak již bez Toufarova vědomí byla dopsána pasáž, ve které se kněz doznával k sexuálnímu obtěžování dětí.
Den poté vznikl propagandistický film Běda tomu, skrze něhož přichází pohoršení, v němž „účinkoval“ i sám Josef Toufar, ale s ohledem na zubožený stav, v jakém se po sadistických výsleších nacházel, je ve filmu ukázán jen na několik sekund.
Během natáčení pak Josef Toufar zkolaboval a musel být převezen do někdejšího Borůvkova sanatoria v Praze, kde se podrobil operaci prasklého žaludečního vředu a dalších vnitřních zranění, která mu vyšetřovatelé bitím způsobili. Operace však nebyla úspěšná a Josef Toufar 25. února 1950 asi v půl deváté večer zemřel.
Jeho tělo bylo zakopáno do hromadného hrobu v Ďáblicích a rodina se o jeho smrti dozvěděla až v roce 1954, kdy jim bylo sděleno, že zemřel kvůli prasklému žaludečnímu vředu. Teprve v červenci 2015 se podařilo přesně určit místo, kde byl zakopán, exhumovat jej a důstojně pochovat do hrobky v hlavní lodi číhošťského chrámu, kde sloužil.
A jak dopadl brutální estébák Mácha, který jej de facto zavraždil? Svědci tvrdí, že v době, kdy byl Josef Toufar operován, pobíhal před operačním sálem a byl viditelně nervózní, protože jeho hlavním úkolem bylo „připravit“ pátera Toufara pro další z řady komunistických monstrprocesů. Obával se prý následků Toufarovy smrti, nikoliv však proto, že zabil nevinného člověka, ale že „nesplnil stranický úkol“. Nicméně potrestán nebyl. Teprve v roce 1963 dostal kvůli mučení zadržených, tedy nejen Josefa Toufara, stranickou důtku a byl propuštěn. V roce 1968 byl vzat do vazby kvůli podezření z vraždy a zneužití pravomoci veřejného činitele, ale vražda mu nebyla prokázána a zneužití pravomoci bylo promlčeno. Další snahy o vyšetření smrti Josefa Toufara pak znemožnil vpád sovětských vojsk a následná normalizace. Teprve v roce 1998 jej soud uznal vinným ze zneužití úřední moci a těžkého ublížení na těle a odsoudil jej k trestu pěti let vězení nepodmíněně. Po dovolání mu byl trest snížen na dva roky. Do věznice nastoupil až po mnoha odkladech s odvoláním na svůj zdravotní stav v lednu 2002 a po roce byl podmíněně propuštěn. Zemřel v září 2018, aniž by svého činu jakkoliv litoval.