Případem se od května zabývá Národní centrála proti organizovanému zločinu (NCOZ), podle jejího ředitele Jiřího Mazánka by mělo být vyšetřování uzavřeno do půl roku. Mluvčí NCOZ Jaroslav Ibehej již v květnu uvedl, že jejich podezření se týká spáchání dvou trestných činů, konkrétně ohrožení utajované informace a zneužití pravomoci úřední osoby. Ministr vnitra tehdy sdělil, že je naprosto v pořádku, že policie případ vyšetřuje.

Novinářům Hamáček svou výpověď odmítl komentovat. Dříve to zdůvodnil tím, že je v utajeném režimu. V neděli v pořadu Partie televize Prima uvedl, že události pravdivě popíše. „Je evidentní, že tam k žádnému trestnému činu nedošlo,“ prohlásil.

Podnětem vyšetřování byla informace serveru Seznam Zprávy, podle které Hamáček chtěl odcestovat v dubnu do Moskvy, aby tam získal vakcíny proti covidu-19 výměnou za informace o vyšetřování výbuchu muničních skladů ve Vrběticích na Zlínsku v roce 2014. Krátce před chystanou cestou premiér Andrej Babiš (ANO) a Hamáček zveřejnili, že za výbuchy byli podle českých bezpečnostních složek příslušníci ruské vojenské tajné služby GRU.

Hamáček tvrzení o výměně informací o výbuších za vakcíny opakovaně popřel, na server Seznam Zprávy podal žalobu. NCOZ koncem května požádala sněmovnu, aby jí poskytla záznamy z jednání stálé sněmovní komise pro kontrolu Vojenského zpravodajství, které se týkalo kauzy Vrbětice.

Kromě toho ministr vnitra opakovaně tvrdil, že cesta do Moskvy byla jen zastírací manévr kvůli postupu ČR po zveřejnění informací o Vrběticích.