Duchovní pravoslavné církve nežili pouze duchovním životem, nežili ve vzduchoprázdnu. Většina z nich byli vlastenci, někteří Sokolové nebo členové dalších vlasteneckých organizací. Jako duchovní byli samozřejmě pacifisté, ale po počátku okupace brzy poznali, že samotný pacifismus a ignorace zla nestačí. To neznamená, že by vzali do rukou zbraně a šli s okupanty bojovat. Dělali to, co bylo v jejich silách a možnostech.
Kaplan Petřek i farář Václav Čikl vystavovali už od března 1939 mnoha lidem židovského vyznání křestní listy. Ty jim umožnily v době, kdy Němci ještě nerozjeli registraci osob židovského původu a jejich následná omezení a kdy ještě bylo možné protektorát opustit, získat vystěhovalecká víza.
Oba duchovní, stejně jako jejich nadřízený, biskup Gorazd (vlastním jménem Matěj Pavlík), působili v chrámu svatých Cyrila a Metoděje. Ten měl jednu zásadní výhodu, které mohl odboj využít. Pod ním se nacházela polozapomenutá, dávno nepoužívaná pohřební krypta.
Budova, postavená Paulem Ignácem Bayerem a Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem v letech 1730–1736, byla zasvěcena italskému světci a patronu nemocných sv. Karlu Boromejskému a sloužila jako katolický kostel sousedního klášterního domova pro kněze na penzi. V kostelní kryptě pak byli zemřelí kněží pohřbíváni. Kněžský domov byl josefinskými reformami v roce 1783 zrušen a z budov se stala kasárna, z kostela pak skladiště. V roce 1869 připadly budovy Českému polytechnickému ústavu (pozdějšímu ČVUT). Kostel měl být přestavěn a využit jako aula, ale k tomu nedošlo a sloužil nadále jako skladiště. Roku 1885 byl terén Resslovy ulice snížen a pozice budovy kostela se tak opticky zvýšila. To byl i důvod skutečnosti, že původně hlavní vchod na podélné straně chrámové lodi byl tehdy uzavřen, protože se ocitl asi dva metry nad chodníkem.
V roce 1921 vznikla Česká pravoslavná církev, která se později přerodila v Česko-pravoslavnou náboženskou obec srbské a cařihradské jurisdikce. Její vladyka a biskup Gorazd hledal v dalších letech vhodnou budovu pro hlavní církevní katedrálu. Tou se stal v roce 1935 právě tento kostel, o dva roky dříve pronajatý státem a nově vysvěcený jako chrám svatých Cyrila a Metoděje.
Církevní činitelé se tedy do odboje zapojili velmi záhy, nejprve vypisováním administrativních falsifikátů. Časem ale začalo přituhovat. Podle několika svědectví pravoslavní klerici již od podzimu 1941 v souvislosti s Heydrichovým příchodem do protektorátu a jeho důkladným zátahem proti odboji, dnes známým jako heydrichiáda, dočasně ukrývali hledané odbojáře v kryptě kostela. Člověkem, který stál za organizováním této již značně nebezpečné odbojové činnosti, byl pravděpodobně laický předseda církevního sboru starších Jan Sonnevend.
Po atentátu na Heydricha, ke kterému došlo 27. května 1942, začalo být v Praze horko. Do hodiny po atentátu byly uzavřeny výpadovky z města a až do příštího rána se zcela zastavila vlaková doprava, od osmé hodiny večerní i doprava městská. Německé bezpečnostní složky uzavřely také veškeré další komunikace vedoucí z města a namátkově střežily i volný terén. V Praze byly navečer po atentátu uzavřeny pohostinské podniky, divadla, kina a další místa, kde by se mohli lidé shromažďovat. Ve městě okamžitě proběhla rozsáhlá razie za účasti 7000 mužů bezpečnostní policie, všeobecných SS, pořádkové policie, SA, Waffen-SS, NSKK, protektorátní policie a wehrmachtu. V Praze platil od 16.30 civilní výjimečný stav, který se o den později rozšířil na téměř celé území protektorátu. Dne 28. května okupační síly posílilo 2720 mužů pořádkové policie z území říše, včetně čety obrněných automobilů z Vídně. Byla zakázána veškerá česká shromáždění, sportovní akce, divadelní představení a další kulturní podniky.
Německé i protektorátní bezpečnostní složky prohlížely byty, kontrolovaly osoby a jejich dokumenty a zatýkaly kohokoli, kdo byl jakkoli podezřelý. Postupně se do pátracích akcí zapojily i složky TeNo (Technische Nothilfe – technické nouzové sbory, pozn. red.), protektorátní četnictvo, lesnický personál nebo jednotky protipožární a protiletecké ochrany. Prohledávaly města, obce, samoty, ale pročesávaly i lesy a pole. Zabavovaly náhodně nalezené zbraně, rádia neodpovídající nařízení o odstranění přijímače VKV, umožňujícího poslech zahraničního vysílání, větší sumy peněz, zásoby potravin a tržně hodnotného zboží, ale i uniformy, a dokonce i ocelové přilby, u nichž zřejmě předpokládaly potenciální nebezpečnost v případě ozbrojeného povstání. K největším paradoxům této pátrací akce patří jeden zabavený kluzák. Ti, kteří přechovávali policejně nehlášené osoby, byli podle dikce stanného práva zastřeleni s celou svou rodinou s výjimkou dětí, a jejich majetek byl zabaven. Stejně se vedlo osobám, které se o atentátu pozitivně vyjádřily.
Okupační aparát byl bezradný a nevěděl kudy kam, protože represe samy o sobě k výsledku nevedly. Spásným nápadem se pak ukázal až dočasný příslib beztrestnosti a astronomicky vysoké odměny pro kohokoli, kdo podá zprávu o atentátnících, i kdyby měl snad být sám z jejich řad, a současně skrytá pohrůžka, že po uplynutí amnestijní doby přijde skutečné peklo.
Nejen výsadek Anthropoid, ale i další parašutisté, kteří byli zrovna v Praze, přečkali všechny razie jen s velkým štěstím. Odbojáři, kteří je provizorně ukrývali ve svých bytech (tedy převážně členové sokolské organizace Říjen), dospěli k názoru, že je třeba ukrýt je spolehlivěji. Vzpomněli si na nedávno danou nabídku církevních představitelů. Již den po atentátu tak přišel do kostela Jan Kubiš, o dva dny později Josef Gabčík. Během dalších pěti dnů postupně dorazilo i ostatních pět parašutistů z různých výsadků. Platila sice zásada, která jim byla vštěpována při výcviku – že se rozhodně nemají ukrývat pohromadě –, ale v dané situaci prostě nebyla jiná možnost než čekat ve studené hrobce, až se přežene to nejhorší.
Neštěstím bylo, že Karlu Čurdovi se podařilo z Prahy dostat a dorazit k matce do jihočeské Staré Hlíny. Tam v úkrytu poslouchal všechny zprávy o represích, včetně brutální likvidace Lidic. Strach o jeho blízké ho pak vedl k tomu, že přistoupil na Němci danou nabídku beztrestnosti. Dne 16. června 1942 se udal na gestapu a vypověděl všechno, co věděl.
Biskup Gorazd, který se o ukrývání parašutistů dozvěděl teprve týden před jejich odhalením, byl za účast v odboji spolu s farářem Václavem Čiklem, předsedou rady starších Janem Sonnevendem a kaplanem Vladimírem Petřekem v roce 1942 odsouzen a popraven. Česko-pravoslavná náboženská obec srbské a cařihradské jurisdikce v protektorátu Čechy a Morava byla 27. září 1942, přesně na den rok po nástupu Heydricha do funkce okupačními orgány rozpuštěna, byl jí zabaven majetek, zapečetěny chrámy a zakázány bohoslužby.
Škody na církevním majetku byly po válce vyčísleny asi na 25 milionů korun. Kostel v Resslově ulici gestapo vyrabovalo hned při akci. Mezi jiným zmizela i obřadní kněžská roucha, ve kterých se příslušníci gestapa s primitivním humorem fotili. Roucho biskupa Gorazda gestapo nakonec prodalo jednomu z pražských vetešníků, v červnu 1945 se pak díky dobrovolnému dárci navrátilo zpět církvi.
Katedrála byla věřícím navrácena hned po konci války a začaly v ní rekonstrukční práce. V červenci 1947 byla znovu vysvěcena a jako kostel funguje dodnes. Krypta, kde se odehrálo tragické finále boje československých parašutistů, byla zpřístupněna veřejnosti. Později, v roce 1966, prošla poněkud necitlivou rekonstrukcí, dalších stavebních úprav (především vystavění nového vstupu) doznala v devadesátých letech. Krypta je od roku 1995 Národním památníkem hrdinů heydrichiády – místem smíření. Kostel byl rovněž v devadesátých letech zrenovován a nově vymalován. Zajímavostí je, že nová výmalba dosáhla pouze do úrovně empory. Stěny nad podlahou empory a strop chrámové lodi nesou dodnes stopy kouře, nejen z chrámových svící. Nacisty popravený biskup Gorazd byl v roce 1987 svatořečen jako Svatý Gorazd II.