Finálním plivancem směrem k demokraticky smýšlející části společnosti ukončil Zemanův hradní pobočník Vratislav Mynář své sedm let trvající předstírání, že by kdy mohl dostát kritériím podmiňujícím získání náležité bezpečnostní prověrky potřebné k výkonu funkce kancléře. „Žádný zákon mi neříká, že mám mít prověrku. To znamená, že já se o žádnou prověrku neucházím,“ odpověděl Mynář na dotaz po prověrce, který vznesl pirátský poslanec Mikuláš Ferjenčík na jednání sněmovního rozpočtového výboru.

Nejznámější a nejzávažnější Mynářova kauza je jednou z větších ran, které Miloš Zeman uštědřil české demokratické společnosti. Zeman přecházením této skutečnosti vyslal silný signál o tom, že oslabování demokratických institucí rezignací na základní, byť nepsaná pravidla, je v kursu. Ať už z taktických důvodů nebo pro pouhé pobavení Zeman po většinu času předstíral, že mu na prověrce pro svého formálně nejbližšího spolupracovníka záleží. A hrál o čas. Při tom učinil různá lichá prohlášení a protiřečil si.

Kvůli Mynářově prověrce Zeman v říjnu 2013 v pořadu Otázky Václava Moravce dokonce začal mluvit latinsky. „Vratislav Mynář si především bude muset urychleně udělat prověrku. To je conditio sine qua non. Nastupují dvě možnosti: buď si tu prověrku dodělá, to znamená, že ji dostane, a pak zůstane kancléřem, anebo si ji nedodělá, pak přestane být kancléřem a já si budu shánět kancléře nového.“ (video zde, čas 37:07)

V září 2015 (den předtím, než se veřejnost dozvěděla, že Mynář prověrku nezískal) se Zeman jen snažil věc oddálit. Řekl, že očekává Mynářovo odvolání se proti případnému negativnímu výsledku. Nicméně v případě, že odvolání bude neúspěšné, kancléř skutečně ve své funkci skončí, dával plané ujištění. „Pokud v té obálce bude rozhodnutí o neudělení prověrky na stupeň přísně tajné, předpokládám, že tak jako jakýkoliv jiný občan České republiky využije možností, které mu dává proces odvolání. A pokud ani tyto možnosti nedopadnou dobře, pak samozřejmě dodržím slovo, které jsem dal.“

V rozhovoru pro dezinformační server Parlamentní listy o den později Zeman uvedl: „Pokud mě sám pan kancléř nebude chtít opustit, vždycky pro něj na Hradě bude důstojné místo.“ V lednu 2016 se ukázalo, že Mynář s odvoláním (tzv. rozkladem) neuspěl. To ale pro Zemana nebyl problém: „Jenom bych předeslal, že vy novináři, kteří pořád mluvíte o bezpečnostní prověrce, zapomínáte, že není žádný zákon, podle kterého by kancléř měl mít bezpečnostní prověrku. Čili pan Mynář žádný zákon neporušil,“ cituje Zemana server Demagog.cz.

Hrad tehdy oznámil, že pro výkon jeho funkce je plně dostačující současná prověrka na stupeň vyhrazené. Tento stupeň však Mynářovi neumožňuje například účastnit se s prezidentem zasedání Bezpečnostní rady státu a neměl by znát ani program státních návštěv.

Mynář o prověrku na stupeň „Přísně tajné“ marně usiloval od roku 2013. V minulosti kvůli tomu podal na Národní bezpečnostní úřad (NBÚ) správní žalobu, kterou se bránil proti tomu, že mu úřad nepřiznal prověrku na stupeň přísně tajné. V žalobě z počátku roku 2016 napadal proceduru vyřízení jeho věci i důvody, pro které úřad prověrku neudělil, připomíná ČTK.

Při zdůvodňování své rezignace na prověrku se Mynář uchýlil k manipulaci, s níž odvedl pozornost od podstaty své kauzy. Tou nejsou zákonné požadavky, ale z logiky věci vyplývající nepsané pravidlo, které dosud pro nejvyššího hradního úředníka platilo.  Bezpečnostní prověrku vyššího stupně měl dosud každý porevoluční kancléř jako potvrzení vlastní důvěryhodnosti a způsobilosti pro funkci, jejíž řádný výkon předpokládá i znalost utajených skutečností a s tím spjatou účast na jednáních NATO.