V projevech ministrů za ČSSD se často objevovalo jméno Andreje Babiše. Nejdůrazněji proti ministru financí vystoupil Svatopluk Němeček. Rezort zdravotnictví, který vede, prý nenechá Babiše vést jako svou firmu.
Němeček je s Babišem v konfliktu už delší dobu. Vícepremiér se přes svá média snaží dokazovat neschopnost ministra zdravotnictví, který když má možnost, mu útoky vrací. Na pátečním sjezdu ČSSD ho v projevu upozornil, že před ním zdravotnictví ochrání. „Nedovolíme privatizaci českého zdravotnictví finančními skupinami. To se mnohým nelíbí a soustavně na nás útočí. Chtěli by totiž zdravotnictví řídit jako firmu, jako svoji firmu,“ neadresně vzkázal Němeček. Narážel tak na Babišova slova z minulosti, že by stát řídil jako firmu. Sociální demokracie je podle Němečkových slov hlavní brzdou Babišova snažení. „Českou republiku ovládl politický projekt jedné firmy a před ním bráníme demokracii,“ uvedl ministr.
Mediální souboj obou členů vlády trvá zhruba od doby, kdy Babiš začal mít potřebu ovládnout ministerstvo zdravotnictví, protože jeho holding začal nakupovat zdravotnická zařízení. Němečka nejdříve označil za alkoholika, později napadal jeho působení v ostravské fakultní nemocnici. Ta měla podle šéfa státní kasy nevýhodně nakupovat zdravotnické zařízení. Když Mladá fronta, patřící Babišovi, kritizovala zákon o lékařských atestacích, připravovaný ministerstvem zdravotnictví, Němeček se ozval. MF DNES označil za neseriózní periodikum, u kterého nikdy neví, čemu se dá věřit.
Poslední přestřelka vznikla po Babišově blogu na iDnes, který spadá pod jeho vydavatelství Mafra. Ministr financí v něm kritizoval financování krajských nemocnic. Na to mu Němeček odpověděl na Twitteru: „Navštěvuji kraje a smekám před tím, jak se o svoje nemocnice starají. Kvalitní medicína, rekonstrukce budov, dobře hospodaří,“ vzkázal Babišovi. „Nebyla to přestřelka, pan Babiš zaútočil na mě, tak jsem mu odpověděl,“ řekl Svobodnému fóru Němeček. „Hlavně si myslím, že pan ministr jasně vidí, že zdravotnictví funguje správně, jinak by do něj přeci neinvestoval tolik peněz,“ dodal ministr zdravotnictví. Němeček mediální válku s Babišem zřejmě jen tak nevzdá a své ministerstvo bude bránit dokud bude moct.