Protektorát Čechy a Morava vyhlásil německý vůdce Adolf Hitler 16. března 1939. Jeho formální hlavou zůstal státní prezident Emil Hácha, ale on i vláda Rudolfa Berana byli pouze loutkami v rukou úřadujícího říšského protektora. Tím se stal bývalý německý ministr zahraničí Konstantin von Neurath, kterého Hitler jmenoval říšským protektorem před 85 lety, 18. března 1939. Státním tajemníkem nového útvaru byl téhož dne jmenován někdejší karlovarský knihkupec Karl Hermann Frank. Po vynuceném odchodu říšského protektora von Neuratha a atentátu na Reinharda Heydricha se Frank, jmenovaný v srpnu 1943 říšským ministrem pro Čechy a Moravu, stal v protektorátu fakticky samovládcem.
Česko-Slovensko, tzv. druhá republika, zaniklo 14. března 1939 vyhlášením samostatného Slovenského státu. Autonomní Protektorát Čechy a Morava, vyhlášený dva dny poté, se dle výnosu Hitlera stal součástí Německé říše. Protektorát neměl mezinárodněprávní subjektivitu a jeho jménem v zahraničních vztazích vystupovala Říše. Byl vyhlášen na území českých zemí zbylém po vynuceném odstoupení pohraničí Německu mnichovskou dohodou z roku 1938. Měl rozlohu 49 363 km2 a v roce 1939 v něm žilo zhruba 7 380 000 obyvatel, převážně Čechů a početná německá menšina.
Hlavou protektorátu byl státní prezident, existovaly protektorátní vlády. Skutečnou moc však měl říšský protektor, jehož dohledu podléhala celá česká autonomní správa. Výkonná moc byla od počátku okupace svěřena veliteli říšské armády. Státní správa a samospráva přecházely postupně do německých rukou. Státním prezidentem byl po celou dobu existence protektorátu Emil Hácha.
V čele vlády se vystřídali Rudolf Beran, Alois Eliáš, Jaroslav Krejčí a Richard Bienert. Říšskými protektory byli Konstantin von Neurath a Wilhelm Frick. Poté, co Hitler von Neuratha v podstatě odstavil, vykonávali tuto funkci zastupující říšští protektoři Reinhard Heydrich a Kurt Daluege. Po jmenování Fricka v srpnu 1943 byl říšský protektor v podstatě titulární funkcí, faktickou moc v protektorátu měl státní ministr K. H. Frank.
Von Neurath byl tedy říšským protektorem do roku 1941. Předtím působil v letech 1930 až 1932 jako německý velvyslanec v Británii a do roku 1938 byl říšským ministrem zahraničí. V roce 1946 ho norimberský tribunál odsoudil k 15 letům vězení za zločiny proti lidskosti, ze zdravotních důvodů byl v roce 1954 propuštěn a o dva roky později zemřel.
Karlovarský knihkupec K. H. Frank se funkce státního tajemníka Protektorátu Čechy a Morava ujal razantně: „Kdo není s námi, je proti nám. A kdo je proti nám, bude rozdrcen,“ deklaroval Frank svoji představu o budoucích protektorátních poměrech v projevu na Staroměstském náměstí na počátku prosince 1939. Ačkoliv formálně byl Frank až třetím mužem v zemi, záhy přejal iniciativu a aktivně zasahoval do dění v protektorátu. Z pozice vyššího velitele SS a policie se podílel na zavedení prvního i druhého stanného práva, na protižidovských opatřeních a v neposlední řadě na systematické likvidaci představitelů české inteligence. Po válce stanul před mimořádným lidovým soudem v Praze a na konci procesu nad ním soud vynesl 21. května 1946 rozsudek smrti. Frank byl o den později oběšen na dvoře Pankrácké věznice před zraky asi 5000 diváků.