Bezprostředně po atentátu bylo vyhlášeno na celém území Protektorátu Čechy a Morava druhé stanné právo, které známe také pod označením heydrichiáda. Na dopadení pachatelů byla vypsána odměna deset milionů korun a nastaly tvrdé represe na obyvatelích. Kontroly probíhaly na ulicích, ve vlacích a také v pražských bytech. Mezitím se podařilo parašutistům z různých skupin postupně ukrýt v kryptě pravoslavného kostela sv. Cyrila a Metoděje.
„Kdo osoby, které měly účast na spáchání atentátu, přechovává anebo jim poskytuje pomoc, anebo maje vědomost o jejich osobě nebo o jejich pobytu neučiní žádné oznámení, bude zastřelen se svou rodinou,“ hlásala vyhláška podepsána K. H. Frankem již v den atentátu. Druhé stanné právo trvalo od 27. května do 3. července, ale popravy pokračovaly i nadále.
V protektorátu bylo několik popravišť, z nichž některá byla zřízena pouze krátkodobě v období stanného práva. K vykonání trestu smrti sloužily bývalé vojenské střelnice, které se proměnily na popraviště, například střelnice v pražských Kobylisích nebo popraviště u Zámečku v Pardubicích.
Zdaleka ne všechny oběti byly zapojeny do odbojové činnosti, záminkou pro rozsudek smrti se stalo i údajné schvalování atentátu. Mezi oběťmi najdeme také lidi, u kterých jejich spoluobčané využili druhé stanné právo pro osobní mstu, či blízké rodinné příslušníky odbojářů, kteří byli deportováni do koncentračních táborů a domů už se nikdy nevrátili.
Nacistický teror se stupňoval, až do 16. června neměli nacisté jedinou stopu, která by vedla k dopadení atentátníků. Měsíc červen se zapsal tragicky do našich dějin, nejprve byla 10. června vypálena obec Lidice ležící nedaleko Kladna, čtrnáct dní poté také osada Ležáky na Chrudimsku. V souvislosti s atentátem bylo popraveno více než pět tisíc lidí. Seznamy popravených byly vylepovány po městech, čteny v rozhlasu či zveřejňovány v novinách.
Mezi první popravené patřila rodina Stehlíkových z Rokycan, zastřeleni byli již 28. května 1942 v Plzni-Lobzích. Záminkou se stala neshoda mezi rodinnými příslušníky, která vedla k udání na četnické stanici.
Dům Václava Stehlíka patřil mezi záchytné adresy pro parašutisty vysazené do protektorátu. Útočiště zde nalezl Jan Kubiš s Josefem Gabčíkem z výsadku Anthropoid, ale také Vojtěch Lukaštík z výsadku Intransitive a Ludvík Cupal z výsadku Tin.
V domě žil Václav Stehlík s manželkou, dvěma syny a dcerou Josefínou provdanou za Františka Marešku a jejich dětmi. Mezi Mareškou a jeho tchánem docházelo k rozepřím, které se Mareška rozhodl řešit udáním na četnické stanici, kde strážníky informoval o skutečnosti, že jeho tchán na půdě ukrývá parašutisty. Tato skutečnost mu byla dobře známa, z poválečných svědectví můžeme zjistit, že on sám měl parašutisty doprovázet při cestě na vlak. Celá rodina byla zatčena 25. května, tedy dva dny před atentátem na Heydricha.
Četníci po válce vzpomínali, že se snažili přesvědčit Marešku, aby své udání vzal zpět, ale trval na svém. Den po atentátu byla celá rodina odsouzena stanným soudem za vědomé poskytnutí úkrytu osobám policejně nehlášeným, které měly účast na činech nepřátelských Říši. Téhož dne byli Stehlíkovi zastřeleni i s dcerou Josefínou a jejím manželem, který tuto tragédii způsobil. Můžeme si položit otázku, na kolik gestapo příběhu o úkrytu parašutistů věřilo, protože se jednalo o jedinou stopu, kterou v té době mělo. V materiálech, které se dochovaly, se můžeme dočíst, že Václav Stehlík před popravou uvedl několik jmen lidí, kteří také ukrývali parašutisty.
Žádná konkrétní jména zde nejsou uvedena, nicméně můžeme si být jistí, že v této souvislosti nebyl nikdo další zatčen, jelikož mezi spolupracovníky patřil četnický strážmistr Jaroslav Nykodým a také lékař MUDr. Zdenko Čáp, který ošetřoval Josefa Gabčíka a Ludvíka Cupala. Oba výše zmínění spolupracovníci zůstali neprozrazeni a dožili se konce války. Další z blízkých spolupracovníků, Václav Král z Plzně, ke kterému se parašutisté vydali od Václava Stehlíka, byl zatčen až po rozsáhlé výpovědi Karla Čurdy v sídle pražského gestapa, která se uskutečnila 16. června 1942 a vedla k rozsáhlému zatýkání. Gestapo v případě rodiny Stehlíkových mohlo uvěřit, že se opravdu jedná pouze o rodinné neshody, a rodinu popravili pro výstrahu.
O dva dny později byla popravena rodina parašutisty Ivana Kolaříka z výsadku Out Distance. Na konci března byl vysazen spolu s Adolfem Opálkou a Karlem Čurdou, při seskoku přišli o veškeré vybavení a během ukrývání padáků Kolařík ztratil své doklady, ve kterých měl fotografii své snoubenky Milady Hrušákové. Doklady byly nalezeny a předány gestapu. Právě fotografie Milady Hrušákové dopomohla k tomu, aby gestapo dokázalo identifikovat pravého majitele falešných dokladů. Ivan Kolařík se oddělil od skupiny a skrýval se. Nakonec se rozhodl spáchat sebevraždu, aby neohrozil své blízké.
Bohužel nikoho z blízkých svým krokem neochránil, protože u něj byla nalezena pravá občanská legitimace, kterou si vyzvedl u rodičů, a potravinové lístky, které dostal od rodiny své snoubenky. Tyto věci se staly důkazem, že Ivan Kolařík byl po seskoku v kontaktu se svou rodinou, a její členové skončili během druhého stanného práva na popravišti v Kounicových kolejích v Brně, protože skutečnost, že je Kolařík navštívil, neohlásili.
Parašutisté v kryptě kostela sv. Cyrila a Metoděje mohli slyšet rozhlas z ulice, dostával se k nim také tisk, který obsahoval dlouhé seznamy popravených. Se situací v protektorátu před smrtí zastupujícího říšského protektora i po ní byli dobře seznámeni. Gestapo těmito kroky mohlo v parašutistech vyvolávat pocit, že jim je na stopě. Jména Stehlíkových i Kolaříkových byla parašutistům dobře známa. Do vší této bezmoci se také dozvěděli o osudu Lidic, které byly vypáleny 10. června. V tomto případě byli parašutisté jedni z mála, kteří věděli, že z obyvatel Lidic se do příprav atentátu nikdo nezapojil.
Nedlouho po Lidicích stanula na popravišti další rodina, kterou parašutisté dobře znali. Jednalo se o rodinu Oldřicha Pechala z výsadku Zinc. Po zradě konfidenta gestapa byl Pechal zatčen na chatě u brněnské přehrady. Během výslechů byl krutě mučen, přesto vydržel nepromluvit a nezlomilo ho ani to, když mu gestapo zatklo celou rodinu a 12. června 1942 všechny popravili. Oldřich Pechal odmítl veškeré nabídky ke spolupráci a byl popraven 22. září 1942 oběšením v koncentračním táboře Mauthausen, více jak tři měsíce po svých blízkých.
Gestapo bylo skutečně na stopě parašutistům při zatčení rodiny Stehlíkových po atentátu a také začátkem června, když probíhalo intenzivní pátrání po dívce, která odvezla jízdní kolo jednoho z „atentátníků“. Mezi asi 260 mladými dívkami byla zatčena také čtrnáctiletá Jindřiška Nováková, která skutečně kolo odvezla. Je až neuvěřitelné, že se neprozradila a mohla se vrátit domů. Prozrazení se ale zabránit nedalo, rodina Novákových byla později zatčena a popravena v Mauthausenu 24. října 1942 spolu s dalšími spolupracovníky parašutistů.