Je to už vskutku dlouhá historie. Úplný počátek lze datovat do roku 2006, kdy se Dvůr Semtín začal měnit na Čapí hnízdo. Následující děje jsou však natolik zamotané a často si protiřečící, že rozplétání tohoto gordického uzlu ještě notnou chvíli potrvá. Případ Čapí hnízdo se táhne dlouho. Dokonce tak dlouho, že zasahuje už do třetího volebního období. A během všech musela sněmovna jednat o vydání Andreje Babiše k trestnímu stíhání. Kromě expremiéra je v případu týkajícím se vyplacení dotace na výstavbu Čapího hnízdo v současné době obviněna i jeho někdejší poradkyně Jana Nagyová (dříve Mayerová). Stíháni jsou pro dotační podvod a poškození finančních zájmů Evropské unie.
Přitom všechno začalo takřka idylicky u krmení koziček v pražské zoologické zahradě, kde Andrej Babiš čekal se svými dětmi ve frontě. A protože čekání podle svých slov nesnáší, napadlo ho postavit si vlastní farmu, kde by mohly jeho děti krmit zvířátka dle libosti a bez front. Jenže postavit takovou farmu něco stojí, ale Evropská unie prostřednictvím svých speciálních fondů poskytuje nejrůznější dotace pro podporu podnikání. Jen je důležité, aby podnikající subjekt patřil mezi malé a aby prokázal životaschopnost svého projektu.
Takže v roce 2006 začala přestavba statku Dvůr Semtín na konferenční centrum Čapí hnízdo. Ovšem již v prosinci 2007 se jedna část z holdingu Agrofert, konkrétně ZZN Agro Pelhřimov, přeměnila na stejnojmennou akciovou společnost s akciemi na majitele. Ještě později změnila jméno na Farmu Čapí hnízdo. V srpnu roku 2008 pak Regionální rada ROP Střední Čechy schválila farmě dotaci ve výši 50 milionů korun a v září za akcie firmy zaplatil Andrej Babiš. Jak později tvrdil, měl to být dar manželce a dětem. Vše zdánlivě vypadalo v pořádku.
O Čapí hnízdo se však kvůli vyplacení dotace začala zajímat média. V říjnu 2013 Babiš řekl týdeníku Respekt, že s Čapím hnízdem nemá nic společného, že neví, komu patří. Média však nenechala kauzu ležet, a tak v listopadu 2015 padlo i na základě článků uveřejněných v týdeníku Ekonom a na Svobodném fóru trestní oznámení o možném dotačním podvodu a o měsíc později začala policie případ šetřit. A Babiš se do svých lží začal stále více zaplétat.
Při natáčení filmového dokumentu Matrix AB na kameru řekl, že Čapí hnízdo je „ten nejlepší projekt, jaký jsem kdy vymyslel“. Jenže v březnu 2016 v rozhovoru pro Novinky.cz prohlásil: „Čapí hnízdo není moje. Je to nějaké firmy, která patří do holdingu.“ Protože mu však došlo, co řekl, snažil se to vzápětí vysvětlit na facebooku: „Samozřejmě že jedna z mých firem vlastní Čapí hnízdo od roku 2014. Reagoval jsem na tvrzení, že jsem vlastnictví Čapího hnízda přiznal až v roce 2014, což není pravda, protože já osobně jsem nikdy nebyl akcionářem ani vlastníkem Čapího hnízda. Stejně tak v době podání žádosti o evropskou dotaci v roce 2008 nebyla žádná firma Agrofertu akcionářem nebo majitelem Farmy Čapí hnízdo.“
Protože věc stále více rezonovala společností, neboť Babiš byl ministrem financí, sešla se v březnu 2016 mimořádná schůze sněmovny, kde se o této kauze jednalo. A Babiš na plénu prohlásil zase něco jiného. Přiznal, že vlastnictví tajil: „Nechtěl jsem ohrozit své děti, to nejcennější, co mám. Moje dcery jezdí od dětství na koni. Rozhodl jsem se proto, že dám rodině prostředky, aby si firmu koupila a projekt zrealizovala. Farmu Čapí hnízdo vlastnily v rozhodné době mé dvě dospělé děti a bratr mojí partnerky, který držel podíl odpovídající podílu mých dvou nezletilých dětí a mé partnerky.“ Celou věc se tak od sebe snažil odstrčit a přesunout ji na vlastní rodinu.
V té době také server Neovlivní informoval, že auditoři ROP Střední Čechy již v roce 2011 označili poskytnutí dotace za nezpůsobilý výdaj, a ke stejnému závěru dospěl i audit KPMG zpracovávaný pro ministerstvo financí. Farma tak dostala pokutu 3,6 milionu korun, která však kvůli penále narostla na více než 6 milionů. Ovšem výbor Regionální rady regionu soudržnosti Střední Čechy nakonec Čapímu hnízdu prominul 99 % z pokuty, a tak firma musela zaplatit jen 37 tisíc korun plus penále odpovídající této částce. Jen pro připomínku – šlo o ten samý výbor, který Čapímu hnízdu dotaci v roce 2008 přidělil.
Do věci se navíc již v lednu 2016 vložil Evropský úřad pro boj proti podvodům (OLAF), který na konci roku 2017 zjistil, že Farma Čapí hnízdo nebyla malý podnik, ale byla úzce propojena s Babišovými firmami, informace v žádosti o dotaci byly lživé a dotace neměla být vyplacena. OLAF došel k závěru, že Farma Čapí hnízdo a Agrofert nebyly na sobě ekonomicky nezávislé subjekty, ale „osoby propojené“ a prostřednictvím Babišovy rodiny tvořily jeden ekonomický celek.
V srpnu 2017 zaslala policie do sněmovny žádost o vydání Andreje Babiše. Celou středu 6. září sněmovna rozhodovala, zda bude vydán. On sám na plénu vystoupil s obhajobou, kde se odvolával na fakt, že se blíží volby a že celá akce je načasována právě s ohledem na ně: „Mě neumlčíte, nezastrašíte a nezastavíte a taky se mě nezbavíte. Takže určitě mě klidně vydejte. A já vás žádám o zbavení imunity, aby pravda vyšla najevo.“ Souhlas s vydáním sněmovna odhlasovala.
Jenže v říjnových volbách Andrej Babiš obhájil mandát a získal tak novou imunitu. Celé kolečko se tedy muselo v lednu 2018 opakovat. A Babiš opět na plénu poslanecké sněmovny tvrdil, jak je vše spiknutí a kampaň proti němu, která má za cíl jej poškodit: „Vždyť to je proto, aby všichni mohli říkat, vždyť Babiš je stíhaný, on nemůže být premiér. Nemůže.“ I zde pro své vydání nakonec ruku zvedl, ale zároveň řekl, že „žijeme v zemi, kde si můžete objednat stíhání a objednat pravděpodobně dostat někoho do vězení“. Tím rozpoutal přestřelku mezi politiky, kteří něco takového kategoricky odmítali.
Vyšetřování, během něhož Imoba, nástupnická společnost Farmy Čapí hnízdo, souhlasila s vrácením dotace, se táhlo až do září 2019, kdy pražský státní zástupce Jaroslav Šaroch stíhání zastavil, protože zjistil, že „farma byla malou firmou“. S jeho názorem se však neztotožnil nejvyšší státní žalobce Pavel Zeman, který Babišovo stíhání obnovil. V květnu 2021 tak policie dokončila další šetření a postoupila spis opět Jaroslavu Šarochovi, který jej však v srpnu vrátil ještě k došetření. Mezitím Babiš znovu obhájil poslanecký mandát ve volbách a získal tak opětovně imunitu. Policie musela tedy znovu požádat o jeho vydání, o němž se v těchto dnech jedná.
Jenže volby změnily rozložení politických sil a situace se zřejmě změnila i u samotného Andreje Babiše. Z premiéra je najednou jen poslancem. A tak obrátil o sto osmdesát stupňů a již neříká, že chce, aby byl vydán. Tentokrát oslovil koaliční poslance dopisem, v němž je žádá, aby ho k stíhání nevydávali, slovy: „Dovoluji si na vás apelovat, abyste žádost o mé vydání neposuzovali toliko jako formální akt v podstatě již aprobovaný minulými usneseními Mandátového a imunitního výboru a Poslanecké sněmovny, nýbrž abyste zohlednili žádost a její obsah důsledně v kontextu dosavadního průběhu dotčeného trestního řízení.“
Právem se tak lze domnívat, že se Andrej Babiš začal bát, protože zřejmě tuší, že z něj spousta lidí přestala mít strach. Jeho sebejistota je pryč. Trestní stíhání by mu totiž mohlo velice uškodit v jeho hlavním cíli, kterým je s velkou pravděpodobností usednout na Pražském hradě, a získat tak imunitu de facto jednou provždy.
Dotace však nejsou jediným problémem, který se okolo Čapího hnízda točí. Druhou kauzou je problém výše reklamních zisků na této farmě. Podle tržeb, které totiž vykázala, by musela podle odborníků na tuto oblast být polepena billboardy po dobu pěti let takřka kompletně. Muselo by tam totiž viset 1100 billboardů. Podezřelé také je, že téměř 300 milionů zde utratily výhradně firmy z Babišova holdingu Agrofert. Taková výše utracených financí přitáhla pozornost policie, ale i daňových poradců, kteří v tom spatřují možný daňový únik.
Zatím však vyšetřování stojí na samém počátku, neboť tato kauza vyplavala na povrch právě díky původnímu vyšetřování podezřelé dotace. Kupříkladu šetření OLAF ukázalo, že peníze za reklamu chodily na Čapí hnízdo již v roce 2009, tedy v době, kdy se farma teprve stavěla. Podle zprávy OLAF tvořily příjmy z reklamy minimálně 70, ale možná až 99 % všech tržeb Čapího hnízda. To, jak reklama na Čapím hnízdě fungovala, již prošetřuje policie. V roce 2019 podal trestní oznámení senátor Tomáš Goláň (SEN 21). A své zraky sem zaměřují i daňoví experti, neboť v případě financí vyplácených za reklamu se podvádí často, zvláště s vratkami DPH a snižováním daně z příjmů.