Vztah prezidenta Miloše Zemana k působení agentů Státní bezpečnosti ve veřejných funkcích je po více než 25 let konzistentní a v podstatě neměnný. Když byl v roce 1991 přijímán lustrační zákon, čelil jeho návrh ostré kritice z různých stran. Občanské hnutí považovalo zákon za normu, která vychází z presumpce viny, z principu kolektivní viny a nepřipouští právo na obhajobu a která je nástrojem v pronásledování mnoha nevinných lidí.
Člen Občanského hnutí Jaroslav Šabata navíc tvrdil, že lustrační zákon (a později zákon o protiprávnosti komunistického režimu) patří mezi snahy pravice diskreditovat každou opozici nebo alternativu k pravicovým pokusům obnovit klasický kapitalismus, což však prý nebylo cílem disidentského hnutí. Téměř prorocky předvídal, že i mnoho let po převratu v roce 1989 bude v České republice mezi představiteli levice stále mnoho bývalých komunistů. Obdobně kritický, byť z jiných pozic, byl k lustračnímu zákonu i prezident Václav Havel.
Lustrační zákon je skutečně problematickou normou. Jako každá právní norma vychází totiž z dichotomie stavů určitého jevu. Buď někdo spolupracovníkem Státní bezpečnosti byl, nebo spolupracovníkem nebyl. Metody získání agenta StB pro spolupráci a motivace těchto agentů byly však natolik rozmanité, že je velmi obtížné rozčlenit lidi do těchto dvou kategorií.
Miloš Zeman, který byl době přijímání lustračního zákona poslancem za Občanské fórum a následně za Občanské hnutí kritizoval zákon spíše z liberálních pozic. Uvedl, že sice každý potenciální volič má právo znát o kandidátovi, zda byl či nebyl spolupracovníkem StB, ale že je svobodnou vůlí voliče, jestliže tohoto kandidáta zvolí. Ten samý názor zastával i pro kandidáty, jejichž veřejná funkce je založena jmenováním.
Velmi trefně také uvedl, že jestliže bude zvolen do funkce spolupracovník StB, bude to vypovídat více o stavu našeho voličstva než o kandidátech samých. Stejně tak jmenování agenta StB do veřejné funkce bude vypovídat více o tom, kdo kandidáta jmenuje než o kandidátovi samotném. Odmítavě se stavěl k lustračnímu zákonu i v roce 1995 při prvním prodloužení jeho účinnosti a stejný názor zastával i v roce 2000, kdy hlasoval proti zákonu o prodloužení účinnosti lustračního zákona na neurčito.
Tento svůj postoj dále demonstroval například tím, že v roce 1998 navrhnul za člena své vlády Jana Kavana, který byl evidován jako spolupracovník StB. Dlužno poznamenat, že soudy následně rozhodly, že Jan Kavan byl v evidenci neoprávněně, protože nevěděl, že informace, které důstojníkům Státní bezpečnosti předává, jsou určeny pro Státní bezpečnost.
Podobně o více než patnáct let později jmenoval členem Sobotkovy vlády Andrej Babiše, který byl rovněž evidován jako spolupracovník StB. I v jeho případě soudy následně rozhodly, že byl v evidenci neoprávněně, protože jeho řídící důstojník si všechny zápisy o spolupráce Andreje Babiše vymyslel zřejmě proto, aby si ukrátil dlouhou chvíli při své nudné službě.
Stejným prizmatem je pak třeba hledět i na udělení státního vyznamenání za zásluhy agentce StB Jitce Pelikánové, jejíž poslední zásluha pro Československo se datuje do roku 1966, kdy v televizi vyprávěla sérii pohádek se sourozencem robota Emila Emílkem, kterého si sama sestrojila.
Jmenování Karla Srpa st. členem Etické komise České republiky pro ocenění účastníků odboje a odporu proti komunismu, jejíž působnost a činnost zabezpečuje Úřad vlády České republiky, je pak nutno vnímat obdobně. Navíc by bylo poněkud paradoxní, aby členem vlády mohla být osoba, která byla evidována jako agent Státní bezpečnosti, ale členem orgánu, který je do jisté míry vládou kreován, agent Státní bezpečnosti být nemohl. Pro úplnost je zapotřebí dodat, že i v případě Karla Srpa st. soud rozhodl, že by v evidenci Státní bezpečnosti veden neoprávněně, což potvrzuje obraz komunistické Státní bezpečnosti jako jediné tajné policie na světě pracující zcela bez agentů, jejíž důstojníci se zabývali pouze vytvářením fiktivních zpráv od fiktivních agentů, kteří neměli povědomost o ničem.
Konzistentní s názorem prezidenta Miloše Zemana na agenty Státní bezpečnosti pak není pouze jeho odmítnutí jmenování docenta Ivana Ošťádala profesorem v oboru fyzika z důvodu jeho spolupráce s komunistickou tajnou policií. Jeho morální selhání je podle Miloše Zemana znásobeno tím, že se Státní bezpečností spolupracovala i Oštádalova manželka.
Závěr tak může být pouze jediný. Prezident Miloš Zeman považuje funkci profesora fyziky za natolik důležitou a významnou, že kandidát na ní a jeho manželka musí projít náročnějším testem integrity nežli členové vlády, nositelé státních vyznamenání či členové Etické komise.